人里から遠く離れたジャングルの奥地。そこに、よそ者が足を踏み入れることを許さない、厳しい掟で守られたポケモンたちの楽園、オコヤの森があった。その森で、幻のポケモン・ザルードに育てられた少年ココ。自分のことをポケモンだと信じて疑わないココは、ある日、サトシとピカチュウに出会い、初めての“ニンゲンの友達”ができる。自分はポケモンなのか？それともニンゲンなのか？オコヤの森に危機が迫った時、ポケモンと人間、親子の愛が試される。