ボス・ベイビーと兄ティムが繰り広げた、赤ちゃんVS子犬の死闘から25年――。
ボス・ベイビーは正真正銘のエリート社長として大成功し、兄のティムはタビサとティナという娘に恵まれ、幸せな専業主夫に。成長した2人はすっかり疎遠になっていた。
そんなある日、ベイビー株式会社に、悪の天才博士が世界征服を企んでいるという情報が舞い込む。世界を救うためには再びボス・ベイビー＆ティムの力が必要と、2人の元に派遣されたのは、新たに「ボス・レディ」に任命されたティムの娘ティナだった――。
「私、ボス・レディ。新たな任務を伝えに来たわ」
世界中の赤ちゃんを洗脳し世界征服を企む悪の天才博士を止めるため、ボス・ベイビーとティムはスーパーミルクで“赤ちゃん返り”し、潜入捜査に突入。見た目は赤ちゃん、中身は本当におっさんの2人は、世界を救うため史上最大のミッションを達成できるのか―？！

※ユナイテッド・シネマ札幌、キャナルシティ13のみ、字幕版での上映もございます。