巨人の脅威から身を守るため巨大な壁を構築し、その中で息を潜めるように暮らしていた人類。百年の平和は超大型巨人の襲来により破られ、母を亡くした少年エレン・イェーガーはすべての巨人を駆逐することを誓い、巨人と戦う調査兵団の一員となった。

文字通り命がけの戦いの中でエレンは自らも巨人となる能力を得て、人類の勝利に貢献しながらも少しずつ世界の真実へと近づいていく。やがて時は流れ、壁の外へと出たエレンは調査兵団の仲間と袂を分かち、ある恐るべき計画を実行する。

無数の巨人を率いて、この世界の生きとし生けるものすべてを踏み潰す「地鳴らし」。

ミカサやアルミンをはじめとした残された者たちは世界を滅ぼそうとするエレンを止めるべく、最後の戦いに挑む。