地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。
だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物……
銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。
最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。
虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！
巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。
ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！

星の生命力“アルタナ”のエネルギーで生まれた魔人、虚（うつろ）。
長い年月をかけて生まれ変わりを繰り返してきた不老不死の化け物、
その中でつかの間に現れた人格が、かつて松下村塾を開き、幼い銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽だった…。