西暦 995 年 京都。
藤原道長が栄華を極めた平安期の都。
道長と安倍晴明の密談により、大江山に棲まう鬼・酒呑童子の討伐を命じられた源頼光たちは、かつて見たことのない様相の敵に道を阻まれる。その正体は歴史改変を目論む“歴史修正主義者”が放った“時間遡行軍“。この窮地を救ったのが、三日月宗近ら歴史を守るべく戦う“刀剣男士“たちであった。彼らの活躍により、無事に任務が完了したはずだったが、酒呑童子の最期の呪いを受けた山姥切国広は、光とともに姿を消してしまう――。

西暦 2012 年 東京。
いつもの帰り道。高校生・琴音の耳に聞き慣れない音が届く。引き寄せられるように向かった先で目にしたのは、
禍々しい影と戦う一振りの太刀だった。戸惑う琴音だが、不思議な声に導かれるままその名を口にする。「―― 三日月宗近」

内閣官房国家安全保障局。
日本各都市では市民が突如意識を失う事件が多発。さらに時間遡行軍が各地に出現していた。時の政府から遣わされた刀剣男士・山姥切長義は並ぶ官僚たちに“特命任務”の開始を告げる。
「特命任務は、この時代に出現した時間遡行軍の殲滅。並びにこの事態への関与が疑われる山姥切国広の確保、状況次第では破壊もあり得る。先行している三日月宗近も捕捉対象とする。要請に応じ、各本丸より戦力が投入される。協力して任務の遂行にあたる。以上」

消えた山姥切国広、それを追う三日月宗近の運命は？ 時間遡行軍の真の目的とは！？

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