U.C.0097。“ラプラスの箱”が開かれて一年。ニュータイプの存在とその権利に言及した“宇宙世紀憲章”の存在が明かされても、世界の枠組みが大きく変化することはなかった。のちに“ラプラス事変”と呼ばれる争乱は、ネオ・ジオン残党軍“袖付き”の瓦解で終結したかに見えた。その最後の戦闘で、2機のフル・サイコフレーム仕様のモビルスーツが、人知を超えた力を示す。白き一角獣と黒き獅子、2機の脅威は、封印されることで人々の意識から遠ざけられ、忘れ去られるはずだった…。しかし、2年前に消息不明となっていたRX-0 ユニコーンガンダム3号機が、地球圏に再びその姿を見せ始めた。金色の“不死鳥”…その名は、フェネクス。