学校の音楽会に向けて、苦手なリコーダーの練習をしているのび太。
その前にあらわれた不思議な少女・ミッカは、のび太の吹くのんびりのんきな「の」の音を気に入り、
音楽がエネルギーになる惑星でつくられた“音楽【ファーレ】の殿堂”にドラえもんたちを招き入れる。
ミッカはこの殿堂を救うため、一緒に演奏をする音楽の達人【ヴィルトゥオーゾ】を探していたのだった！
ひみつ道具「音楽家ライセンス」を使って楽器を選び、ミッカと共に演奏することで、
少しずつ殿堂を復活させていくドラえもんたち。
しかし、世界から音楽を消してしまう不気味な生命体が迫ってきて、地球にも危機が…！！
はたして、“音楽の未来”、そして地球を救うことができるのか！？