仮面ライダーたちの戦いが終わり、闇菓子がこの世から消えて、しばらく時間が流れた。
なんでも屋「はぴぱれ」では、人間界に残ったグラニュートたちに仕事を斡旋し、【人間とグラニュートの共存】は、少しずつ実現へと向かっているはずだった。

ある日絆斗は、街で出会った傷ついた少女たちとともに「狩藤医院」を訪ねた。
そこは、表立って病院へ行けない事情のある者たちを診ている怪しげな病院だったが、医師・狩藤の腕は確かだった。

治療を受けた少女たちの日常が気になり、ひそかに尾行すると、彼女たちのグループには、なんと、あのリゼルがいた。父・ボッカを亡くし人間界に残されたリゼルは、今では不良少女たちの用心棒のような存在となっているらしい。
さらに、グループの中にひとり、若い男性がいることが気になった絆斗は、今度は彼を探ることに。

男の正体は、グラニュートだった。闇菓子をふたたび流通させようとたくらんでいるようだ。
複雑な心境の絆斗を、胸の激痛が襲う。かつての改造手術が、彼の身体に著しく影響を及ぼしていた。
さらに、ボッカに恨みを抱く、グラニュートのイジークまで出現して……！

※柴崎貴行監督の「崎」の字の“つくり”は本来の表記ではありませんが、環境によって正しく表示できないため、「崎」を代用文字としています。正式には「たつさき」です。