いつもの非日常に満ちたSOS団の日常。ある日突然キョンだけを残して、世界は涼宮ハルヒが存在しない普通の日常へと改変されてしまう。宇宙人・未来人・超能力者が消えた世界で、キョンが見つめ直す本当に大切なものとは―。