千年パズルを完成させたことにより、《闇遊戯》という、もう１人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。海馬コーポレーションの社長にして決闘者（デュエリスト）の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった―。
そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。
その前に現れた謎の少年《藍神（あいがみ）》。
そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。
ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。
すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）の幕が切って落とされる！