スコットランド沖の孤島にそびえ立つ灯台で、一匹の愛犬を従えて暮らすマイケル・メイソンは、外界と隔絶した隠遁生活を送っている。チェスの盤面とにらめっこし、時折絵筆をとることが日課のメイソンのもとには、週に一度、ジェシーという少女とその叔父がボートで生活物資を届けにやってくる。しかし他者との接触を嫌うメイソンは、ジェシーが話しかけてきても、ぶっきらぼうに追い返すだけだった。

ある日、猛烈な嵐によってジェシーが叔父のボートに戻ろうとして溺れかけたとき、メイソンはためらうことなく命がけで救出に向かう。英国政府の元特殊部隊員であるメイソンと、家族を亡くしたジェシーは次第に心を通わせていくが、突如として情報機関MI６に襲撃されてしまう。実はイギリス政府の元特殊部隊員であるメイソンは、エリート諜報員養成プログラム“トンビ”の初期メンバーで、“最強の精密機械”の異名を取った経歴の持ち主である。当時の上司であり、元MI6長官のマナフォートの命令に人道上の理由で背いたため、彼の恨みを買って政府の“抹殺リスト”に登録されていたのだ。すべての落とし前をつける決意を固めたメイソンは、ジェシーを守りながら英国本土に舞い戻るが、行く手にはMI6の監視網とスゴ腕の刺客が待ち受けていた……。