かつての戦いから20年。天道総司の行方は、いまもわからなかった。
そして人類とワームは、共存する道を歩んでいた。
しかし、なぜかZECTは秘密裏に、新たなマスクドライダーシステムを開発していた。

その資格者として選ばれたのは、加賀美新の息子で、高校生の結（ゆい）。
ZECTの三島正人は結との接触を図るが、そこに立ちはだかったのは、結のクラスメート・天道ヒカルだった。
一方、田所修一から情報を得た加賀美新は、ZECTの陰謀に立ち向かうべく、かつての仲間たちのもとを訪ねるが、風間大介も、矢車想も、加賀美への協力を拒否した。

たったひとりでも、敵と戦う覚悟を決めた加賀美。
そんな彼の前に、意外な人物の影が……！