大怪獣ガメラが初めて戦う怪獣は、美しき虹色光線を放つバルゴン！大怪獣の手に汗握る決闘、勝つのはどっちだ！？
数千年間もの長い間、氷の中で眠っていたガメラが人類の前に現れてから半年。人類最後の希望だったＺ作戦の甲斐もむなしく、地球に舞い戻ったガメラは黒部ダムを襲撃した！時を同じくして、巨大オパールを求め、平田、小野寺、川尻はニューギニアの洞窟に向かう。カレンら現地の人々が止めるのも聞かず、妖しく輝く“謎の石”を手にした彼らは、次々と不幸に襲われる。そして最大の不幸は、その“謎の石”から大怪獣“バルゴン”を孵化させてしまったことだった―。バルゴンは大阪城を凍結。ガメラと激しい戦いを繰り広げるが、決着はつかず、人々は大混乱に陥る。人類を救うべく、言い伝えを基にカレンが提案した作戦は、「巨大ダイヤでバルゴンをおびき寄せ、水中に沈める」というもの。日本最大の湖・琵琶湖で、ガメラとバルゴン、最後の決闘が始まる―！