19世紀末のパリ、オペラ座。醜い顔を仮面で隠し、地下に潜む青年、エリックは、“ファントム”と呼ばれ恐れられていた。ある日、歌手を夢見るクリスティーヌの歌を偶然聞いたエリックは亡き母の姿を彼女に重ね、密かに個人レッスンをするように。次第に才能を開花させオペラ座での大役を任されるクリスティーヌ。そんな彼女にオペラ座のパトロン、シャンドン伯爵は愛の告白をするのだが、プリマドンナの嫉妬と陰謀で思わぬ悲劇が人々を襲う。