18世紀、南米。スペインとポルトガルによる植民地支配が続く中、イエズス会の宣教師ガブリエル神父は、先住民グァラニー族と共に平和な共同体を築いていた。ある日、傭兵として生きてきた男ロドリゴ・メンドーサは、嫉妬の果てに弟を殺害してしまう。深い罪悪感に苦しむ彼はガブリエル神父と出会い、贖罪のために宣教師として新たな人生を歩み始める。しかし、欧州列強の政治的思惑によって宣教地はポルトガル領へと割譲されることとなり、グァラニー族は土地を追われる危機に直面する。教会は平和的な解決を模索するが、武力による排除が迫る中、ガブリエル神父は非暴力による信仰の道を貫こうとし、一方のメンドーサは人々を守るため武器を取る決意を固める。