怪獣と人類が共生する世界で、未確認生物特務機関：モナークが察知した異常なシグナル。
交錯する＜地上世界／ゴジラテリトリー＞と＜地下空洞／コングテリトリー＞。
ついに一線を越える＜王ゴジラ＞と＜王コング＞の激突のその先には、我々人類が知る由もなかった未知なる脅威が待ち構えていた。「vs」ではなく「x」、そして［新たなる帝国］が意味するものとは？ 世界は今、目撃する── 。